据《三国史记》记载，百济建国于公元前18年，温祚集团从高句丽南下阿利水（即汉江）流域、定居慰礼城（即汉城）。但百济的建国传说版本不同，主要有如下三个：

关于以温祚为核心的传说，讲的是温祚是高句丽开国君主朱蒙从北扶余逃到卒本扶余以后，与卒本王女所诞下的儿子。后来，朱蒙在北扶余的长子瑠璃找到父亲，成为太子。温祚则和哥哥沸流一块南下，定居在慰礼，建立了国家，而在沸流去世之后，又接纳了其他部众。

关于以沸流为中心的传说，讲的是沸流是北扶余王解夫娄的庶孙优台和召西奴的儿子。优台去世后，沸流就寄居在卒本扶余，朱蒙为了逃难也流亡到卒本扶余。召西奴改嫁给朱蒙，还帮忙建立了高句丽。后来，朱蒙的长子瑠璃找到了父亲，成为了太子，而沸流则带着母亲召西奴和弟弟温祚，带领族人南下，定居在弥邹忽。

据中国史书记载的“仇（优）台”，百济建立于高句丽始祖东明（朱蒙）后裔仇（优）台在带方郡故地创立的国家，还娶了东汉末年辽东太守公孙度的女儿为媳妇。后来，百济还为仇（优）台树立了庙宇，以示祭祀。

在北魏的表中，百济盖卤王也特别提到“臣与高句丽源出夫余”，所以百济的王族后来就用“扶余”作为姓氏。最初的都城设在河北慰礼城（现在韩国首尔北汉山一带），没过多久又迁到了河南慰礼城（现今韩国首尔松坡区奥林匹克公园里的梦村土城）。

汉城时代

到了公元3世纪末到4世纪初的时候，中国西晋爆发了八王之乱，紧接着五胡入侵，导致中原王朝对边疆的控制大大减弱。就在这时候，百济趁机进攻晋朝的乐浪郡，可惜都没成功，两位皇帝（责稽王和汾西王）也因此丧命。

接着，肖古王一脉的比流王当上了新皇，勤奋耕耘，增强国力，还平定了弟弟优福发动的叛乱，又和真氏势力结合在一块儿，把政权的基础稳住了。

344年，比流王去世后，经过汾西王之子契王短暂掌权，最后由比流王之子扶余句接任，成了近肖古王。他娶了出身真氏的王妃，从那以后，百济的君主们都与真氏家族联姻，一直到阿莘王。

近肖古王在位的时候，咱们搞了个官制革新，把叫“担鲁”的地方行政机构划分好，派人管理，这个就叫“担鲁制”，一方面是为了加强中央的控制力；同时，他还命博士高兴编纂《书记》，借此巩固王室的威信，树立正统地位。在稳固内政的基础上，他开始向外扩展势力，把目光投向伽倻地区，与倭人进行贸易交流；再者，他还征服了马韩的一部分残余部落，把朝鲜半岛西南端的荣山江流域也纳入了统治范围。

就在这个时候，高句丽南侵，灭掉了乐浪郡，把都城改成平壤。近肖古王跟高句丽争夺霸权，两边打得挺激烈。到371年，近肖古王在平壤大败故国原王带领的高句丽军，把故国原王送上了黄泉。那时候，百济的北界也扩展到了水谷城（今朝鲜黄海北道新溪郡）这一带。另一方面，近肖古王与东晋联系上了，派使臣进贡，官爵也封给了“镇东将军领乐浪太守”。

375年，近肖古王去世，接着是近仇首王（扶余须）和枕流王相继登上王位。

384年，百济从东晋引进了佛教，之后，佛教成了百济的国教。

385年，枕流王去世，太子年纪还小，弟弟扶余晖接过皇位，成了辰斯王。这次，他还首次得到了东晋的任命，被封为使持节、都督、镇东将军、百济王。

392年，辰斯王去世，枕流王的太子登基，称为阿莘王。因为百济国内局势动荡不安，加上高句丽新王太王振奋精神，努力治理国家，使得百济在与高句丽的角逐中逐渐落后，也难以应对东边崛起的新罗。

396年，百济的58城和700个村庄都落到高句丽手里，汉江以北的土地全都没了。阿莘王也不得不向高句丽低头，派出了王弟和十位大臣去当人质。

405年，阿莘王去世后，出现了争夺王位的风波，太子扶余映正在日本当人质，王弟碟礼篡夺了皇位，不久又被杀，扶余映被迎立为王，叫腆支王。因为解忠在这次争斗中立了功，所以解氏家族从此取代真氏族，成为百济王室联姻的对象。

解氏家族建立了“上佐平”的职位，并一直掌控着核心权力。在接下来的久尔辛王和毗有王两个统治时期，百济的国力却没有明显提升。与此同时，高句丽在427年迁都到平壤，给百济带来了很大的压力。

于是百济和新罗达成了和睦关系，还在434年结成了联盟，一起应对高句丽朝南发展的压力；同时，也加深了和南朝的联络，在450年请求刘宋赠送腰弩，以强化军队装备。

到了455年，汉江出现了黑龙这种不吉利的预兆，毗有王也随即去世，他的儿子扶余庆继位，成为盖卤王。

盖卤王时期，掌握实权的解氏贵族集团被逐步剥夺权力，王位重新掌握在君主手中。宫殿和王陵规模得到扩大，显示出皇权的威严。对外方面，百济改变了以往南朝一边倒的外交策略，派遣使者到北魏，请求他们协助攻打高句丽，想借助北魏的力量来对抗高句丽。不过，盖卤王对王权的集权政策引发了贵族的反抗，加大土木工程的投入也让国家财政吃紧，北魏方面也没有出兵协助百济攻打高句丽。

475年，高句丽的长寿王亲自率领三万大军来攻打百济，把王都汉城占了，盖卤王也被杀了。百济只得把都城迁到了熊津（今韩国忠清南道的公州），进入了一个新的历史时期。

熊津时代

在高句丽攻占汉城之前，盖卤王的儿子扶余牟都正去新罗请求支援，可等援兵赶到时，汉城已经丢失，盖卤王也已去世。

然后，在木劦满致、祖弥桀等辅佐下，牟都登上王位，也就是说成为了文周王，还将都城迁到了熊津。

但百济的局势还没稳定下来，477年，兵官佐平解仇弑杀了文周王，然后立了年幼的三斤王为新王，不久，德率真老等人平定了解仇的叛乱。

479年，三斤王去世，真老便扶持在倭国的扶余牟大（文周王的弟弟昆支的儿子）成为新王，叫东城王。

东城王迎娶新罗伊飡比智的女儿成亲，一方面增强了跟新罗的联盟关系，另一方面还把地方的豪族沙氏、燕氏、苩氏引进到中央，算是削弱了真氏、解氏、木氏这些老牌贵族的势力。同时，他也在加深与南齐的关系，被封为使持节、都督百济诸军事、镇东大将军、百济王。

到了东城王后期，朝廷里新旧势力之间的矛盾就变得激烈起来。501年，卫士佐平苩安排人暗中行刺东城王。之后，东城王的异母兄弟扶余隆登上王位，被尊为武宁王。

武宁王平定苩加之乱，巩固了自己的王权。他还让游食者重新耕种，努力开发锦江和荣山江的流域，改善百姓的生活状态。同时，把王族的子弟分派到各个“担鲁”，加强对地方的控制。对高句丽则采取攻势，同时也向南梁积极进贡，获得了“宁东大将军”的封号。

在武宁王的奋勇振兴下，曾因汉城失陷而遭受重大挫折的百济逐渐站起来了。

523年，武宁王去世，扶余明襟接任皇位，被尊为圣王（或称圣明王）。

他在位期间再次打算迁都，熊津虽然能挡住高句丽，但地盘太小，不太适合当首都，于是他看上了锦江边上的平原——泗沘（现在韩国忠清南道扶余郡）。

在泗沘，得到沙氏豪族和汉城旧贵族木氏的助力下，圣王在这里兴建了都城，并在538年将都府迁到这里，百济的历史又翻开了新篇章。

泗沘时代

迁都泗沘以后，圣王开始推行变革，建立了一套由16级官阶和22个部司组成的官制体系，把首都分成五个部分，每个部分设五巷，同时在地方制度上也进行了调整，把全国划分成五个区域，下面设有郡和城，这些举措都加强了中央的控制力。

那会儿，佛教开始盛行，还把佛教传到了倭国。那时，高句丽北边正遭遇突厥的威胁，国力大不如前。圣王就联络新罗，一起在551年发起进攻，把高句丽打败了，收复了汉江的下游地区。而新罗则抢到了汉江的上游，不过，新罗也贪得无厌，撕毁了和百济的盟约，占了汉江下游的地盘。

圣王在554年亲自率军进攻新罗，结果在管山城（现今韩国忠清北道沃川郡）遭到了埋伏，不幸被俘，还有4名佐平也被擒获，大战中有3万士兵阵亡，百济的损失可以说是相当惨重了。

跟着圣王一块儿出征的太子扶余昌终于保住了一条命，之后登基成了威德王。不过，因为在管山城的败仗太惨，王位的影响力受到限制，实际的权力都掌握在沙、燕、解、真等“八大姓族”控制的“六佐平会议体”里面去了。

威德王、惠王、法王接连去世后，掌握实权的贵族们请来了在益山采薯谋生的没落王族扶余璋，封他为王，称为武王。

武王在位时期，重新了一部分王室的权力和国力，到624年，他夺取了新罗的速合城（今韩国庆尚南道咸阳郡）等六座城池，还积极发展益山地区，曾打算把都城迁到益山，但因为贵族们不赞成，这个打算也没能实现。

到武王快要退位的时，就迷上了享乐，和他亲信的人也趁机搞权力斗争，朝廷里的事情变得越来越败坏。

国家灭亡

641年，百济的武王去世，太子扶余义慈继位。

他在位期间拼命巩固皇权，把反对自己即位的内佐平岐味等40多位贵族都给流放了。

642年，他带兵亲征新罗，攻下猕猴城等40多座城池，还派将军允忠攻占新罗西部的重要据点大耶城（现韩国庆尚南道陕川郡），想要振兴国家实力。

可是义慈王在位将近十年后，渐渐变得沉迷享乐，变得腐败不堪，还偏袒恩古等那些小人，甚至把敢于直言的佐平成忠关进了牢里。

义慈王一边跟新罗不断打仗，一边又和高句丽、倭国保持着紧密联系，而跟唐朝的关系逐渐变得疏远。这时候，新罗趁机拉近了跟唐的关系，还请求唐出兵把百济给灭了。

唐朝多次劝说百济别再攻击新罗，但都没有用。到了659年，唐高宗派苏定方率领13万大军东去攻打百济，咱们新罗也派出5万兵力去帮忙。

义慈王派阶伯带领5000精锐部队在黄山阻挡新罗军，两边激战了几番，最终阶伯遭遇惨败而战死。

面对唐罗联军的压力如泰山般压下来，义慈王和太子扶余孝跑到北边的旧都熊津城，到了七月十八日，被将领祢植抓住，扭送到唐军的阵营投降，百济也因此灭亡。

义慈王领导的百济王族和官员百姓总共有大约一万三千人被俘，送到唐朝去庆功。百济的旧地被唐朝划分成五个都督府，分别是熊津、马韩、东明、金涟和德安。

唐罗联军把百济打败后，士兵们四处掠夺，激起了百济遗民的反抗情绪，于是开始了复国运动，锦上添花般席卷了二百多座城池。带头的人物有正武、迟受信、黑齿常之、鬼室福信、道琛这些。

鬼室福信把义慈王的儿子扶余丰从倭国迎来，拥立为王，一度势头颇盛，唐罗联军只得退守几处孤立的据点。

没多久，鬼室福信与道琛之间出了点事，先是鬼室福信杀了道琛，然后扶余丰又把鬼室福信给搞了，实力大减。公元663年，唐军在白江口之战中打败了前来帮忙百济的倭兵。扶余丰盘踞在周留城，迟受信则在任存城，两人都双双亡命高句丽，也有不少百济的遗民逃到倭国。

671年，百济的土地被收归新罗的版图。

900年，新罗的土豪甄萱建起了百济，不过这跟扶余氏的百济王国可没有半毛钱关系。